NGOと政府とは、団体（具体的には資金やスタッフの数、ネットワークなど）の規模も違うし、それぞれできることとできないことがあるのではないでしょうか。
海外に対する援助について考えてみると…
政府は各NGOと比べると大きな資金を動かせるので、例えば災害後に道路を再建したりする場合、かなり迅速に対応できます。ただし、政府は裨益国の政府を通して援助をすることが多いので、例えば、もし裨益国の政府が機能していない場合には、ちゃんと一番困っている人たちのところに援助の手を差し伸べることが難しいことがあります。
一方、NGOは、規模こそ小さいものの、裨益者を絞って、例えばｘｘ村の女性を対象にしよう、ということができます。つまり、小さな規模ではあるものの、きちんとどこに援助が行くか、見守ることができます。
各国政府とNGOとが協力してそれぞれの良い点を活かすのが一番だと思います。