私は現在高校３年で将来NGOで就職を希望しているのですが、進路は大学、専門どちらへ進めばより将来の希望に近づけるでしょうか？？

ＮＧＯで活動したい分野によります。大学であれ専門学校であれ、得意な分野を持つことは大事だと思います。その得意な分野で活動することは可能です。

ただ、欧米のＮＧＯしかり、実際の現場で活動している人たちには、高学歴の人が多いのも事実です。
将来の希望にある「ＮＧＯでの就職」において、具体的にどんな活動をしたいのかわかりませんが、様々なキャリアパスが用意されているので、得意な分野でがんばってみてください。